Transkriptomanalyse bei B-ALL und MLN-TK

Die Klassifizierung der B-ALL in ihre Subtypen erfolgt in erster Linie genetisch durch die Bestimmung von Kopienzahlveränderungen einzelner Chromosomen oder ganzer Chromosomensätze und durch die Detektion von Translokationen und entsprechender Fusionstranskripte. Zusätzlich sind mittlerweile aber auch Gruppen bekannt, bei deren PatientInnen keine bekannten Fusionen detektiert werden konnten, deren Expressionsprofil aber kaum von PatientInnen mit definierten Translokationen zu unterscheiden ist – dazu zählen die BCR::ABL1-like oder auch ETV6::RUNX1-like B-ALL. Die Detektion von Fusionstranskripten und das Erstellen von Expressionsprofilen ist eine Stärke der Transkriptomanalyse, weswegen wir dazu übergegangen sind, diese zur Bestimmung der B-ALL Subtypen anzuwenden. Nach dem Whole-transcriptome-sequencing verwenden wir einen durch maschinelles Lernen trainierten Algorithmus, der 18 verschiedene B-ALL-Subtypen aufgrund ihrer Expressionsprofile unterscheiden und klassifizieren kann (ALLSorts, Schmidt B et al., Blood Adv. 2022 Jul 26;6(14):4093-4097). Einzig die Subgruppen mit abweichender Anzahl der Chromosomenzahlen (hpyer-/hypo-diploid) werden hierüber nicht sicher detektiert. Im Gegenzug können andere Gruppen, wie BCR::ABL1-like, ETV6::RUNX1-like und DUX4-Rearrangements, jedoch nur über solch eine Methode nachgewiesen werden.

Die neu benannte Entität Myeloische/lymphatische Neoplasie mit Eosinophilie und Tyrosinkinasegenfusion trägt schon in ihrem Namen das diagnostische Kriterium eines Nachweises einer Tyrosinkinasegenfusion. Während die am häufigsten detektierten Fusionen FIP1L1::PDGFRA, ETV6::PDGFRB, ZNF198::FGFR1 und auch PCM1::JAK2 sind, können in selten Fällen auch andere Tyrosinkinasegenfusionen auftreten. Aufgrund ihrer therapeutischen Relevanz ist bei bestehendem Verdacht einer MLN-TK – nach Ausschluss der bekannten Fusionen – im Rahmen der Stufendiagnostik ein erweitertes, breit angelegtes Screening empfehlenswert. Die Transkriptomanalyse bietet den Vorteil, gleichzeitig aberrante Tyrosinkinaseexpressionen feststellen und neben bekannten, auch seltene Tyrosinkinasegenfusionen detektieren zu können. Über die Sequenz einer detektierten Fusion kann auch erkannt werden, ob diese im Leseraster stattfand und somit zu einer funktionalen Tyrosinkinase führt, die dann als potenzielles Target für entsprechende Inhibitoren dient.

Die Transkriptomanalyse ist auf unserem Anforderungsbogen als diagnostische Methode sowohl bei der B-ALL als auch der MLN-TK zu finden.