MLLi:ir - Ein diagnostischer Interpretations-Report für NGS-Daten

Bei einem Patienten eine Krankheit auf Basis von Daten aus dem Next-Generation Sequencing (NGS) zu diagnostizieren, ist ein komplexes Unterfangen. Um eine exakte Diagnose stellen zu können, muss sich das medizinische Fachpersonal alle verfügbaren Kenntnisse zu den spezifischen detektierten genetischen Varianten aneignen. Dies ist mit einem immensen -auch zeitlichen- Aufwand verbunden. Zusätzlich erschwert wird dies dadurch, dass bei weitem nicht alle genetischen Varianten beschrieben oder präzise annotiert sind. Selbst eine bestehende Annotation ist mitunter nicht leicht zugänglich oder widersprüchlich zwischen verschiedenen Quellen.

Der rasche Rückgang der Sequenzierkosten ist eng verbunden mit der Einführung von Sequenziergeräten mit deutlich erhöhter Kapazität und der einhergehenden Steigerung des Sequenzierdurchsatzes. Somit stellt heute nicht mehr die Sequenzierung an sich einen Engpass dar, sondern die Interpretation der nachgewiesenen Varianten. In den vergangen Jahren wurden leistungsstarke bioinformatische Lösungsansätze entwickelt, um diesen zu beheben. Trotz all der Anstrengungen ist die Problematik der Annotation und insbesondere der Klassifikation, d. h. der Unterscheidung zwischen gutartigen und pathogenen Varianten, bis heute ungelöst. 

Der Herausforderung der Varianteninterpretation stellt sich das MLL Münchner Leukämielabor Tag für Tag, seit NGS 2010 als Methode in der Routinediagnostik in einem akkreditieren Umfeld (ISO 15189, ISO 17025) etabliert wurde. Die Erfahrung und das Wissen, das sich Wissenschaftler des MLL dabei angeeignet haben, sowie einige der Methoden, die hier entwickelt wurden, werden nun als Dienstleistung MLLi:ir der Öffentlichkeit zur Verfügung gestellt. MLLi:ir steht dabei für „interpretation report“, der Nutzern in Form einer einfach zu bedienenden und übersichtlichen Web-Anwendung zugänglich gemacht wird. Jede über MLLi:ir erstellte Interpretation erfordert vom Nutzer einen minimalen (Zeit-)Aufwand, da die komplette Bewertung der Sequenzierergebnisse durch Wissenschaftler des MLL übernommen wird, die auf einen reichen Wissens- und Erfahrungsschatz in der Auswertung von NGS-Daten zurückgreifen können. 

Über MLLi:ir werden die erhaltenen NGS-Daten evaluiert und der Nutzer erhält eine umfassende Interpretation, die von einem geschulten Team aus Wissenschaftlern mit großer Expertise in der Varianten-Bewertung manuell kuratiert wurde. Die Interpretation beinhaltet eine klare und schlüssige  Aussage basierend auf den nachgewiesenen pathogenen Varianten. Zur Interpretation werden öffentlich zugängliche Datenbanken somatischer Mutationen und Populationsfrequenzen sowie in silico Algorithmen zur Vorhersage des Schweregrades einer Mutation ebenso abgefragt wie unsere MLL-eigene, gut gepflegte Varianten-Datenbank. MLLi:ir ermöglicht damit die Harmonisierung der Fülle der genomischen Daten und erleichtert Ärzten die Stellung einer exakten Diagnose. Das Ziel des MLL Münchner Leukämielabors ist es, mit dieser Dienstleistung durch eine verbesserte Diagnostik zum Patientenwohl beizutragen.