Von Genom- über Exom- bis zu RNA-Sequenzierung – ein Interview über unseren neuen Sequenzierservice MLLSEQ

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MLLSEQ – so heißt der Sequenzier-Service und das Schwesterunternehmen des MLL Münchner Leukämielabors, welcher vor rund fünf Monaten neu gelauncht wurde. Unter dem Slogan „We are the next generation – Sequencing Service“ bietet MLLSEQ sein umfangreiches Next-Generation-Sequencing (NGS)-Wissen – von der Library Preparation bis zum Sequencing only – sowie detaillierte bioinformatische Prozessierung und auch Visualisierung der generierten Daten an. Mit der strategischen Neuausrichtung zum 1.6.2021 hat sich vieles verändert: MLLSEQ – ehemals MLL Dx – erscheint seitdem mit neuem Namen und im neuen Outfit, die Farbe deep purple dominiert die neue Markenidentität, das Corporate Design und allen voran das neue Logo. Auch die neue Website von MLLSEQ wurde komplett überarbeitet.

Aber wieso wurde aus MLL Dx MLLSEQ? Was hat sich seit der Neuausrichtung des Labels verändert? Und wie genau laufen die Sequenzier-Prozesse bei MLLSEQ ab? Höchste Zeit also für ein Gespräch mit Dr. rer. nat. Manja Meggendorfer, Leitung der Bereiche ‚Molekulargenetik‘ sowie ‚Forschung und Entwicklung‘ am MLL.

Sarah Kurz (S): Manja, gemeinsam mit dem Design-Studio BLACKSPACE habt Ihr in einem spannenden Prozess die neue Marken- und Corporate Identity inklusive neuer Website geschaffen. Was waren eure Beweggründe?
Manja Meggendorfer (M): Es gibt definitiv die Nachfrage nach Hochdurchsatz-Sequenzierungen. Wir bieten die Sequenzierkapazität, das entsprechende Know-how, gepaart mit den schnellen Bearbeitungszeiten, die wir aus unserer täglichen Arbeit mit akuten Erkrankungen kennen und leben. Da dies aber in verschiedenen Themen außerhalb der Leukämiediagnostik ebenso Anwendung findet, wurde uns bewusst, dass wir uns mit dem Sequenzier-Service genau davon lösen und eigenständiger werden müssen. Mit dem neuen Label, Logo und dazugehöriger Homepage wollen wir als Sequenzier-Service auf uns aufmerksam machen, auch außerhalb der täglichen Leukämiediagnostik.  

S: Und wie hast Du die Zeit seit der strategischen Neuausrichtung erlebt? Was hat sich seitdem verändert?
M: Mit MLLSEQ können wir ganz anders auftreten und auf unser Angebot hinweisen, als es uns als klinisches Diagnostiklabor möglich wäre. Alleine durch die neue Homepage und unsere Präsenz in den sozialen Medien haben wir viel positives Feedback zu unserem neuen Label und seinem Auftreten bekommen; die Reichweite ist eine ganz andere, weil wir internationale WissenschaftlerInnen aus vielfältigsten Themengebieten ansprechen und unterstützen können.

S: Von Genom- über Exom- bis zu RNA-Sequenzierung - die neue MLLSEQ-Website informiert ausführlich über Euer Sequenzier-Angebot und die unterschiedlichen Services. Kann sich denn jeder, der/die Interesse an einer bestimmten Sequenzierung hat, an Euch wenden?
M: Ja, genau. Wir sehen uns als Partner in der Wissenschaft, unterstützen gerne schon in der Projektplanung, bringen unsere Erfahrung ein, was sequenziertechnisch möglich ist, wo Achtsamkeit oder Mut geboten ist, welche Kontrollen für eine saubere bioinformatische Prozessierung nötig sind. Natürlich gibt es auch genügend WissenschaftlerInnen, die in dem Bereich selbst eine extrem hohe Expertise haben. Da bieten wir auch gerne nur unseren Sequencing-only Service an, das heißt wir sequenzieren auch vollständig vorbereitete Libraries genau nach den gewünschten Vorgaben.

S: Wenn nun beispielsweise ein internationaler Einsender eine Genom-Sequenzierung bei MLLSEQ durchführen lassen will. Wie sieht dann der weitere Workflow aus? Es wäre schön, wenn Du uns einmal in den MLLSEQ-Alltag mitnimmst.
M: Auf unserer neuen Homepage gibt es verschiedene Möglichkeiten, mit uns in Kontakt zu treten: entweder über ein Kontaktformular oder über „Request a quote“ mit schon spezifischen Angaben zum Sequenzierungsprojekt. Basierend darauf erstellen wir ein passendes Angebot. Dann kann die Probe auch schon auf den Weg zu uns gebracht werden. Bei Ankunft im Labor bekommt jede Probe einen Barcode, über die sie nachverfolgt werden kann, und einen Eintrag in der Datenbank, über den die durchzuführende Analyse definiert wird. Eine einzelne Genomanalyse dauert im Schnitt zehn Tage. Neben einer Auflistung der erfolgten Qualitätskontrollen bekommt unser Kunde entweder eine Datentabelle oder die Links zum Download der fastq Dateien. Das hängt ganz von der Anforderung ab.

S: Lässt sich denn sagen, welche Projekte künftig für MLLSEQ anstehen und wie sich der Service und die Marke in den kommenden Monaten und Jahren noch weiterentwickeln werden?
M: Whole Exome Sequencing (WES) und RNA-Seq sind zunehmend gefragt. Single Cell RNA Sequencing bekommen wir ebenso mehr und mehr als fertige Library zum Sequenzieren. Liquid Biopsy ist auch so ein zukunftsträchtiges Thema, das in der soliden Onkologie an Bedeutung gewinnt. Wir haben gelernt, dass wichtige Industriepartner an der Seite enorm hilfreich sind. So arbeiten wir in engem Austausch mit Illumina zusammen, sind Propel zertifiziert, was uns als Sequencing Service Provider auszeichnet. Ähnliches streben wir mit IDT – Integrated DNA Technologies an, über die wir unsere Panel Probes beziehen und auf schnellen Service für Custom-Panel bauen können. Da würden mir spontan noch weitere Technologieanbieter einfallen, mit denen man gemeinsam an Projekten und Weiterentwicklung arbeiten könnte.

S: Vielen Dank für Deine Zeit und das spannende Interview.

 

Dr. rer. nat. Manja Meggendorfer ist Diplombiologin und leitet am MLL Münchner Leukämielabor die Bereiche Molekulargenetik sowie Forschung und Entwicklung. Nach ihrem Studium in Tübingen und München absolvierte sie ihre Promotion im Bereich der Zellkernarchitektur an der LMU München (Humangenetik) in enger Kollaboration mit dem Institut für Virologie des Helmholtz Zentrum München. In ihrer PostDoc Zeit widmete sie sich der Forschung von HIV in neuronalen Stammzellen, bevor sie vor 10 Jahren ans MLL wechselte und als Wissenschaftlerin in der Leukämiediagnostik tätig wurde. Durch ihr Zusatzstudium zum MBA in Health Care Management qualifiziert sie sich nicht nur für wissenschaftliche Publikationen, die molekulargenetische Befundung unserer Leukämieproben, sondern auch den Transfer neuer Technologien in die molekulargenetische Routinediagnostik. Ihre große Expertise im Bereich des Next Generation Sequencing erlangte sie nicht zuletzt durch die Leitung des 5000 Genom Projekts innerhalb des MLL